Moret Seine & Loing est administrée par un conseil composé de délégués élus par les conseils municipaux des communes membres. La représentation des communes au sein du Conseil Communautaire est paritaire, chacune proposant quatre délégués. Organe politique délibérant, il est composé de 84 délégués. Les séances du Conseil Communautaire sont publiques. Le Conseil se réunit à l’initiative du Président au moins une fois par trimestre.

Il est composé de 21 membres, répartis comme suit : un président et 20 vice-président(e)s, représentant chaque commune et exerçant une délégation.